Es ist eine an sich glücklich Kindheit, die er erlebt, aber als dann eine Horde Fremder seinen Stamm ermordet und sein Dorf niederbrennt, wird Connor – seines Zeichens Kind einer Indianerin und eines Engländers – aus seinem Glück gerissen. Aus Angst und Wut kämpft er sich durch bis nach Davenport und trifft dort einen alten Mann, von dem es heißt, er könne ihm weiterhelfen. Der will aber zuerst nichts von ihm wissen …zum Glück bleibt Connor hart und schließlich gibt der alte Mann, Achilles genannt, nach und trainiert ihn … zu einem Assassinen.
Connor muss feststellen, dass der Unabhängigkeitskrieg in den Vereinigten Staaten auf allen Seiten seine Opfer fordert und er nicht einfach tatenlos dabei zusehen kann, denn auch sein Vater mischt gehörig mit. Und auch mit diesem hat Connor noch eine Rechnung offen …
Und das alles passiert, während Desmond Miles aus seinem Koma erwacht und nun endlich weiß, was los ist und was zu tun ist. Aber nicht nur Connor hat ein angespanntes Verhältnis mit seinem Vater. Auch Desmand, der mit seinem Dad wiedervereint wird, hat ein Hühnchen zu rupfen. Aber das muss eben warten bis die Welt gerettet wurde. So sie überhaupt zu retten ist.
