Es war einmal: Eine Ratte landete im Kanal. Vier Schildkröten ebenso. Alle waren mit einer seltsamen Flüssigkeit in Berührung gekommen. Und deshalb mutierten sie. Die Ratte adoptierte die vier Schildkröten als ihre Kinder und brachte ihnen unter anderem Kung-Fu und andere Kampfsportarten bei.
Jahres später: Die Schildkröten sind Jugendliche und wollen nicht mehr in der Kanalisation leben. Sie wollen nach draußen. Sie wollen einfach ein jugendliches Leben leben. Aber sie sind Mutanten und auf diese wird in der Welt da oben im Regelfall mit Panik reagiert, weil Monster sind nun einmal Monster. Noch dazu passieren in der Stadt eine ganze Menge Überfälle und es sieht so aus, als wären da eventuell auch Mutanten involviert.
Logische Konsequenz für die Jungs: Sie müssen helfen, die Sache aufzuklären, denn dann wird man sie als Helden feiern und akzeptieren.
Problem: Ihr Ziehvater, die Ratte, namens Splinter verbietet ihnen die Interaktion mit der Welt dort oben. Also ziehen sie im Geheimen los …