Spocks (Leonard Nimoy) sterbliche Überreste wurden im All beigesetzt und landen auf dem Planeten der durch das Genesis-Projekt entstanden ist. Kurze Zeit später stellt sich heraus, dass Spock seinen Geist auf Dr. McCoy (DeForest Kelley) übertragen hat. Nun ist es an Admiral Kirk (William Shatner) McCoy und Spocks Körper nach Vulkan zu bringen. Leider ist der Planet Genesis Sperrgebiet und die Enterprise wurde außer Dienst genommen.
Die Besatzung des Förderationsraumschiffs Reliant ist auf der Suche nach einem unbelebten Planeten, der für einen Test des Genesis-Projekts geeignet ist. Während der Erkundung eines Wüstenplaneten stoßen Reliants Captain Terrell (Paul Winfield) und sein erster Offizier Commander Chekov (Walter Koenig) auf Khan (Ricardo Montalban), einen durch genetische Experimente optimierten Supermenschen.
Khan hat mit James T. Kirk (William Shatner) noch eine alte Rechnung offen. Währenddessen befindet sich Admiral Kirk zwecks Inspektion an Bord seines einstigen Raumschiffes, der Enterprise, auf dem unter Captain Spock (Leonard Nimoy) Kadetten ausgebildet werden. Als die Enterprise einen Hilferuf empfängt, übernimmt Kirk das Kommando und muss beweisen, wessen Intellekt der überlegenere ist: sein eigener oder Khans.
Eine riesige, scheinbar unaufhaltsame Energiewolke steuert auf die Erde zu. Der inzwischen zum Admiral beförderte James T. Kirk (William Shatner) übernimmt das Kommando über die runderneuerte Enterprise, um die Wolke nach Möglichkeit abzufangen. Gleichzeitig spürt Spock (Leonard Nimoy) auf dem Planeten Vulkan das Vorhandensein der Wolke und beschließt sich der Crew der Enterprise anzuschließen.
Ein Team der Avengers, bestehend aus Captain America (Chris Evans), Falcon (Anthony Mackie, Black Widow (Scarlett Johannson) und Scarlet Witch (Elisabeth Olsen), ist gerade dabei den Schurken Crossbones (Frank Grillo) aufzuhalten, als etwas schief geht und unzählige Zivilisten sterben.
Die Avengers sollen daraufhin die „Sokovia Vereinbarungen“, eine Initiative bei der der ehemalige General Ross (William Hurt) federführend war, unterzeichnen. Damit wären sie der UN unterstellt, womit nicht alle einverstanden sind.
Nachdem in der Vergangenheit die Familie der Senatorin Charlie Roan (Elizabeth Mitchel) getötet wurde, setzt sich die Politikerin für die Abschaffung der „Säuberung“ ein. Roan hat dabei die Unterstützung vieler Wähler, macht sich aber auch unbeliebt.
Am Tag vor der alljährlichen Säuberung wird der Schutz für ranghohe Politiker aufgehoben. Zu allem Überfluss wird Roan auch das Ziel eines Attentates. Glücklicherweise kann sie sich auf Leo Barnes (Frank Grillo) verlassen, der für ihre Sicherheit sorgt.
Eigentlich will Mr. Freeze (Oded Fehr) nur in Ruhe gelassen werden. Dabei hetzt er unerwünschten Besuchern schon einmal seine zu Monstern mutierten Tiere auf den Hals. Freeze lässt sich allerdings vom Pinguin (Dana Snyder) dazu überreden, Gotham zu übernehmen. Der verwandelt daraufhin Killer Croc (John DiMaggio) und Chemo in riesige Monster. Doch auch der Pinguin hat einen Plan und mit Bane (Carlos Alazraqui) und Clayface (Dave B. Mitchell) auch die passenden Handlanger.
Die Welt hat sich verändert. Alles steht unter Wasser, die Menschen leben auf schwimmenden Bauten/Städten und jeden Tag steigt der Meeresspiegel. Die Natur holt sich zurück, was der Natur gehört. Aber es gibt einen Plan: Eine Rakete in die Atmosphäre schießen, welche durch molekulare Umwandlung das Wasser wieder sinken lassen soll und so wieder Lebensraum schaffen.
Durch das viele Wasser hat sich allerdings ein weiteres, großes Problem ergeben: Haifische. Einer davon ist mutiert und scheint die anderen anzuführen. Eine ganze Armada an Haien, bestehend aus diversen Spezies, greift eine Menschensiedlung nach der anderen an und sie kommen immer näher an die Stadt „Salvation“ heran …
Ein Jahr befinden sich die verbleibenden drei der vier Reiter, bestehend aus J. Daniel Atlas (Jesse Eisenberg), Merritt McKinney (Woody Harrelson) und Jack Wilder (Dave Franco), jetzt schon im Untergrund.
Gerade als, mit dem Neuzugang Lula May (Lizzy Caplan), die Zeit für ein Comeback gekommen ist, werden sie von Walter Mabry (Daniel Radcliffe) gegen ihren Willen gezwungen einen eigentlich unmöglichen Überfall durchzuführen.
Im Jahre 2166 hat der unsterbliche Tyrann Vandal Savage (Casper Crump) die Welt erobert und die Familie von Rip Hunter (Arthur Darvill) ermordet. Hunter hat ein Team von außergewöhnlichen Personen zusammengestellt, um durch die Zeit zu reisen und Savages Pläne zu durchkreuzen. Unglücklicherweise haben die Time-Masters, eine Organisation der Hunter früher selbst angehörte, vor diesen Plan zu vereiteln. In der Zukunft erinnert man sich an dieses Team nicht als Helden, sondern, sollten sie erfolgreich sein, werden sie zu Legenden.
Die Decepticons haben wieder einmal einen Plan. Sie finden ein altes Cybertron-Raumschiff und wollen mit dessen Hilfe die Atmosphäre der Erde umwandeln um sie zu Cybertron zu transformieren. Natürlich können das die Autobots, angeführt von Optimus Prime, nicht zulassen und so beginnt eine wilde Jagd um alte Geheimnisse und die Rettung der Welt.