9 (gesprochen von Elijah Wood) erwacht in einem verlassenen Gebäude. Vor ihm liegt ein toter Mann auf dem Boden und als er das Fenster öffnet, erwartet 9 der Anblick einer völlig zerstörten Stadt, die nur mehr aus Ruinen zu bestehen scheint. Eine Bewegung mitten im Chaos erweckt seine Aufmerksamkeit und kurz später trifft 9 auf eine ihm ähnliche Kreatur namens 2 (gesprochen von Martin Landau). Die erfreuliche Begegnung wird jedoch plötzlich von einem Metallmonster gestört, dass 9 verletzt und 2 entführt.
5 (gesprochen von John C. Reilly) findet den ohnmächtigen 9 und bringt ihn daraufhin in das gemeinsame Versteck zu 1, 6 und 8. Der besserwisserische 1 (gesprochen von Christopher Plummer) sieht in 9 aber nur einen Störfaktor und will die Rettungsaktion von 2 nicht unterstützen. Heimlich schleichen sich 5 und 9 daraufhin wieder aus dem Unterschlupf hinaus und machen sich auf die gefährliche Suche nach ihrem Freund 2.
Bald schon stecken die beiden in lebensbedrohlichen Schwierigkeiten, kann die kampferprobte 7 (gesprochen von Jennifer Connelly) vielleicht die Situation und damit 2, 5 und 9 noch retten?