Flynn Carsen (Noah Wyle) arbeitet mittlerweile bereits über zehn Jahre als Librarian, als Retter von mächtigen Artefakten, die er vor den falschen Händen beschützt, die Übles damit vorhätten. Bei seinem aktuellen Einsatz trifft er auf Eve Baird (Rebecca Romijn), die für die Nato arbeitet, um gegen terroristische Bedrohungen vorzugehen. Nach dieser Begegnung wird Eve auf Grund von unerklärlichen Ereignissen bei ihrem Einsatz vorübergehend suspendiert, bekommt dafür aber einen Brief der Bibliothek, um als Guardian und somit Beschützer bei allen gefährlichen Aufträgen für Flynn zu fungieren.
Und die Bedrohung kommt schneller als erwartet, denn der geheimnisvolle Dulaque (Matt Frewer) will mit Hilfe einer mächtigen Krone, die Magie zurück in die Welt bringen, was überall für Chaos und Zerstörung sorgen würde. Nachdem immer mehr mögliche Kandidaten für den Posten des zukünftigen Librarian gewaltsam das Leben verlieren und Flynn und Eve einen Zusammenhang erkennen, können die beiden drei von ihnen retten. Als jedoch die Bibliothek von Schurken überrannt wird und sich das Gebäude als Schutzmaßnahme in den Raum zwischen den Dimensionen teleportiert, scheint der Kampf gegen Dulaque verloren.
