Die Maschinen kommen. Nach Zion. Die letzte Bastion der Menschheit, die letzte Stadt in der noch Menschen leben, ist das Ziel einer groß angelegten Attacke und niemand weiß, wie man sie stoppen kann. Morpheus und seine Crew (darunter natürlich auch Neo) retten nach wie vor Menschen aus der Matrix, aber die Zeit läuft davon. Immer noch überzeugt davon, dass Neo der „Auserwählte“ ist, hegt Morpheus einen verzweifelten Plan: Das „Orakel“ und den Schlüssel zur „Quelle“ finden – dem Ursprung aller Maschinen.
Aber die Lage scheint aussichtslos, denn die Maschinen kommen immer näher und innerhalb der Matrix ist das Programm „Smith“ Amok gelaufen und hat ein Eigenleben entwickelt. Es ist zu einem Virus geworden, das nach und nach die gesamte Matrix zu übernehmen droht und vor allem von einer Sache angetrieben wird: Der Rache an Neo …