Seit sein Opa ihn bereits in seinen Kindheitstagen mit einer unbeugsamen Faszination für Atlantis angesteckt hat, sucht Milo (Michael J. Fox) nach dem Standort der versunkenen Stadt. Seine jahrelange Arbeit wird jedoch nicht ernst genommen, sogar die Existenz der Stadt an sich wird geleugnet. Als ihn eines Tages eine mysteriöse Dame besucht und zu einem alten Freund seines verstorbenen Großvaters begleitet, scheint sich sein Schicksal zu ändern.
Kurz darauf befindet sich Milo nämlich gemeinsam mit einer riesigen Crew in einem U-Boot auf der Reise seines Lebens. Was ihn dann jedoch in Atlantis erwartet, hätte er sich in seinen kühnsten Träumen nicht ausmalen können und wird offenbaren, was genau für ein Mensch er wirklich ist.