Marcus Holloway ist Hacker. Ein sehr guter Hacker. Deshalb will er auch Mitglied bei DedSec werden, einem Hacker-Kollektiv, welches dem „großen Bruder“ (einer Firma namens „Blume“) den Kampf angesagt hat. Denn Blume hat ein Programm entwickelt, welches die Smart-City wahr werden lässt. Alles – die gesamt Stadt San Francisco – läuft über ihr Betriebssystem CtOS 2.0. (also das Upgrade aus dem aus „Watch Dogs“ bekannten CtOS)
Das dieses Ctos 2.0 Marcus durch diverse Algorythmen als potentiellen Kriminellen auswirft, gefällt diesem gar nicht, also bricht er bei Blume ein und löscht sich selbst (die Ironie in diesem Satz ist Absicht), um dann im Untergrund gegen das vernetzte System zu kämpfen, denn – der Datenklau geht noch viel, viel weiter als die braven Bürger von San Francisco annehmen.
Zum Glück bekommen Marcus und seine DedSec-Freunde Horatio, Wrench, Josh und Sitara bald Unterstützung von einem Schwerkaliber der Hacker-Szene. Und dann geht es richtig los …