Als ein Supercomupter eine geheime Forschungsanlage hermetisch abriegelt und alle Sicherheitsprotokolle hochfährt, wird ein Sondereinsatzteam in den so genannten „Hive“ geschickt, um abzuklären, was dort unten los ist. Mit dabei ist Alice, die – obwohl Teil des Teams – sich an nichts mehr erinnern kann.
Unten angekommen erfährt das Team die grausame Wahrheit – unter einem Herrenhaus mitten im Nirgendwo wurde mit Viren herumexperimentiert und ein tödliches Mutagen (T-Virus genannt) ist freigesetzt worden, alle Wissenschaftler und Mitarbeiter sind gestorben. Allerdings ist genau das das Problem: Das T-Virus regeneriert totes Gewebe.
Also sehen sich Alice und ihre Kollegen nun nicht nur den Sicherheitsprotokollen des Supercomputers „Red Queen“ gegenüber, sondern auch einer Horde Untoter und Mutanten …