Die Dinos sind wieder los. Sie treiben ihr Unwesen auf einer Insel, wo sie durch Menschenhand gezüchtet werden. In diese Gefahrenzone gerät unfreiwillig Dr. Alan Grant (Sam Neil). Er wird von einem Ehepaar auf eine angeblich harmlose Expedition eingeladen, die sich jedoch als sehr gefährlich – ja sogar lebensgefährlich – herausstellt. Es beginnt ein Kampf auf Leben und Tod.
Das pharmazeutische Unternehmen Worthington Labs, gibt die erfolgreiche Entwicklung eines Heilmittels für Mutanten bekannt. Dieses Heilmittel deaktiviert das X-Gen und ermöglicht den Mutanten ein normales Leben, sollten sie sich dazu entschließen es zu nehmen.
Magneto (Ian McKellen) ist davon überzeugt, das Heilmittel diene einzig dem Zweck das Mutantenproblem in den Griff zu bekommen und plant mit seiner Bruderschaft einen Angriff auf Worthington Labs. Doch die X-Men haben ein noch ein größeres Problem.
Irgendwann Anfang des 19. Jahrhunderts landet der amerikanische Autor Ambrose Bierce (Michael Parks), der auf der Suche nach Poncho Villa ist um seiner Rebellen-Armee bei zu treten, in einem mexikanischen Kaff. Dort beobachtet er den Gesetzlosen Johnny Madrid (Marco Leonardo), der gerade noch seiner Todesstrafe entgehen kann und auf seiner Flucht Esmeralda, die wunderschöne Tochter des Henkers (Temuera Morrison), einfach mit sich nimmt.
Wie es der Zufall so will, treffen sich die drei Herren einige Zeit später wieder in einer abgelegenen Wüstenbar. Was ohnehin fast schon zwingend auf eine blutige Auseinandersetzung hinauslaufen wird spitzt sich noch weiter zu, nachdem Esmeralda, die eigentlich die halbmenschliche Vampirin Santanico Pandemonium ist, in der Bar wieder auf ihre Artgenossen trifft und sich schneller als es ihr und ihren Begleitern lieb sein kann, wieder an ihre blutige Herkunft zurück erinnert.
Heather ist tot. Den Highlander Connor MacLeod (Christopher Lambert) zieht es nach Japan. Dort lernt er bei einem Zauberer, bis dessen Schüler Kane – ein Unsterblicher – ihn tötet und dessen Macht aufsaugt. Er wird aber im Zuge des Kampfes in einer Höhle eingeschlossen.
Jahre nach den Ereignissen des ersten Teils (der zweite Teil wird völlig ignoriert) hat Connor einen Adoptivsohn und lebt zurückgezogen in Marokko. Er spürt das erneute Auftauchen eines „Unsterblichen“ und macht sich auf den Weg nach New York.
Dort trifft er auf Alex, eine Archäologin, die in einer japanischen Höhle einen Stofffetzen findet, der sie zu den MacLeods nach Schottland führt und somit auch zu Connor. Aber auch Kane hat ihn bereits gefunden und die Schlacht beginnt.
Eigentlich sollten alle für den „Jurassic Park“ geschaffenen Dinosaurier sterben. Ian Malcolm (Jeff Goldblum) hat es nie geglaubt – und soll Recht behalten. John Hammond (Richard Attenborough) beauftragt ihn mit der Leitung eines Expeditionstrupps auf eine noch von Dinos bewohnte Insel. Hammond gibt sich fest entschlossen, den Fehler aus seiner Vergangenheit wieder gut zu machen. Mit der Öffentlichkeit im Rücken, so glaubt er, kann er seinen Plan durchsetzen, die Insel unberührt zu lassen. Auf der Insel kommt es dann zum blutigen Überlebenskampf. Mit dabei sind auch Ians Tochter Kelly (Vanessa Lee Chester) und seine Ex Sarah Harding (Juliane Moore).
Mutanten. Seit dem Bekanntwerden ihrer Existenz hat man sie mit Furcht, Misstrauen und oft auch Hass betrachtet. Überall auf der Erde gibt es hitzige Debatten. Sind Mutanten das nächste Glied in der Kette der Evolution oder nur eine neue Spezies der Menschheit, die um ihr Recht auf Leben in dieser Welt kämpft? Wie dem auch sei, es ist eine historische Tatsache, dass sich die Menschheit noch nie dadurch ausgezeichnet hat, ihre Welt mit anderen zu teilen.
Nachdem ein Mutant den Präsidenten angegriffen hat, beauftragt dieser William Stryker (Brian Cox) damit, das Mutantenproblem zu lösen. Stryker hat unglücklicherweise Zugang zu Eric Lensherr (Ian McKellen) der ihm, zugegeben nicht ganz freiwillig, alles über Professor Xaviers (Patrick Stewart) Schule für Begabte erzählt hat. Mit diesem Wissen plant Stryker nicht nur die Anzahl der Lehrer/Schüler deutlich zu reduzieren, sondern trachtet ausnahmslos allen Mutanten nach dem Leben.
Als der Kleinganove Buck (Robert Patrick) von seinem gerade der Polizei entflohenen Kumpel Luther (Duane Whitaker) einen Anruf bekommt, scheint für ihn endlich die Zeit ohne Geld zu Ende zu gehen. Schnell sind drei ebenso mit ihren Leben nicht gerade glückliche Freunde gefunden, die gemeinsam mit Buck nach Mexiko düsen, um dort in einem Hotel auf Luther zu warten, der einen für alle Beteiligten lukrativen Überfall geplant hat.
Auf seiner Anreise wird Luther jedoch von einer Fledermaus angefallen und verwandelt sich im weiteren Verlauf in einen Vampir. Kein Grund die Pläne zu ändern, denn schließlich können doch auch Untote Geld gut gebrauchen, oder etwa nicht? Schon bald gerät der gemeinsame Diebstahl aber völlig außer Kontrolle und Buck hat es neben einer Armee von Polizisten, auch noch mit seinen zu Vampiren mutierten Ex-Partnern zu tun. Und der Tag hätte so gut begonnen für Buck.
Viele Jahre ist es her, dass Connor MacLeod (Christopher Lambert), der mittlerweile unter seinem richtigen Namen lebt, seinen letzten Gegenspieler besiegt hat. Die Erde hat währenddessen gelitten – die Ozonschicht wurde zerstört und Connor (ein auch äußerlich sehr alter Mann) hat ein Schild entworfen, dass die gesamte Welt mit einem Mantel umgibt, der die tödliche Strahlung abhält.
Aber – und das wusste niemand von uns – Connor und die anderen Unsterblichen sind eigentlich Außerirdische, die als Rebellenführer von ihrem Heimatplaneten auf die Erde verbannt wurden und dort im Exil leben müssen. Dazu verdammt sich gegenseitig zu bekämpfen bis nur noch einer von ihnen übrig ist.
Aber General Katana (Michael Ironside) will nicht warten bis sein Erzfeind MacLeod an Alterschwäche stirbt. Darum schickt er zwei Attentäter, die leider Vollpfosten sind und nicht mal mit Schusswaffen einen alten Mann erledigen können – und plötzlich ist Connor wieder jung, hat ungefähr vier Sekunden darauf Sex und rettet die Welt – indem der das verdammt Schild, dass er gebaut hat, wieder abschaltet. Nämlich.
Die Zwillingsbrüder Jared und Simon (2 x Freddie Highmore), ihre Schwester Mallory (Sarah Bolger) und ihre leicht durch ihre Scheidung traumatisierte Mutter Helen (Marie-Louise Parker) verlassen New York und ziehen in das leicht herunter gekommene Spiderwick Anwesen ein, dass Helen von einer entfernten Verwandten hinterlassen wurde. Jared ist von diesem Umzug wenig bis gar nicht begeistert und bemüht sich von Herzen, alles schlecht zu finden.
Auf einem Streifzug durch das geheimnisvolle Haus findet er das „Handbuch der magischen Geschöpfe“. Darin beschrieben sind magische Kreaturen – ihr Vorkommen, ihr Aussehen. Doch außen steckte ein Umschlag, mit der Warnung das Buch keinesfalls zu öffnen, da sonst Schreckliches passieren würde. Doch natürlich wurde die Warnung in den Wind geschlagen und die drei Geschwister müssen versuchen, das Buch von den Fängen des Mulgaraths (Nick Nolte) fern zu halten. Ein Abenteuer beginnt.
Mutationen sind der Schlüssel zu unserer Evolution. Sie haben es uns ermöglicht, uns von einzelligen Organismen zur komplexesten Spezies auf dem Planeten zu entwickeln. Dieser Prozess erstreckt sich für gewöhnlich über große Zeiträume, aber alle paar Jahrtausende macht die Evolution einen Sprung nach vorne. Immer öfter finden sich Menschen mit besonderen Fähigkeiten – Mutanten.
Eric Lensherr (Ian McKellen), auch als Magneto bekannt, ist einer von ihnen und überzeugt, dass es Krieg geben wird zwischen den Mutanten und den „normalen“ Menschen. Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) auf der anderen Seite setzt sich für Anerkennung und Akzeptanz ein. Als Magneto und seine Bruderschaft (in erster Linie bestehend aus Sabretooth (Tyler Mane), Mystique (Rebecca Romijn) und Toad (Ray Parker)) ein Attentat auf die Anführer der freien Welt planen, liegt es an Xavier und seinen X-Men (unter anderen bestehend aus Jean Grey (Famke Janssen), Cyclops (James Marsden), Storm (Halle Berry) uvm.) das Schlimmste zu verhindern.
