Thomas Anderson (Keanu Reeves) ist Programmierer. Er hat bereits drei Blockbuster-Spiele erdacht und mit seinem Team von Deus Machina umgesetzt. Aber er hat auch ein großes Problem: Wahnvorstellungen und manchmal Erinnerungslücken. So hat er vor einiger Zeit scheinbar versucht während einer Preisverleihung vom Dach eines Hochhauses zu springen, der Meinung er könne fliegen. Deshalb hat er auch einen Therapeuten (Neil Patrick Harris).
Aber nach und nach verdichten sich die Hinweise, dass er vielleicht doch nicht verrückt ist. Vielleicht sind die Spiele, die er erdacht hat, keine Idee von ihm, sondern unterdrückte Erinnerungen. Aber wenn, dann muss man sich fragen, warum er noch lebt, denn in den Storys seiner Spiele stirbt er am Ende.
Gleichzeitig trifft er immer wieder eine Frau, die ihm sehr bekannt vorkommt und die er – ohne sagen zu können warum – liebt, zu welcher er fast magisch hingezogen wird. Ihr Name ist Tiffany (Carrie-Anne Moss).
Und dann bricht wieder einmal der Boden unter Thomas Andersons Füßen weg, denn jemand möchte ihn unter allen Umständen aus der Matrix retten …
