Endlich wird sie gefunden. Ellen Ripley (Sigourney Weaver) wird aus der Rettungskapsel befreit, in welcher sie sich nach dem Ende von Teil 1 in den Tiefschlaf legte. Aber es ist viel mehr Zeit vergangen als sie dachte. So viel Zeit, dass mittlerweile der Planet, auf sie damals dem Signal auf dem Grund gingen und das Alien auf ihr Schiff eingeschleppt haben, besiedelt wurde.
Nachdem ihr niemand die Geschichte des Alien glaubt, wird sie ihrer Fluglizenz beraubt und verdient sich als Lagerarbeiterin ihre Sporen. Als dann jedoch plötzlich der Kontakt zur Kolonie abbricht, wird sie gebeten als Beraterin und „nur zur Sicherheit“ mit einer Truppe Marines nach dem Rechten zu sehen.
Es kommt wie es kommen muss – nur noch viel schlimmer. Die Marines, welche glauben, sie wären die härtestens Jungs und Mädels im bekannten Universum, müssen sich rasch damit abfinden, dass es da draußen etwas gibt, womit sie nicht gerechnet haben … und es ist leise, tödlich, intelligent und absolut nicht mehr alleine …