Auf Grund schwerer Katastrophen hat die Menschheit die Erde vor langer Zeit verlassen und sich auf Nova Prime angesiedelt. Seit einiger Zeit befindet sich die Menschheit mit einer außerirdischen Spezies, deren gefürchtetste Waffe genetisch konstruierte Kampfbestien, genannt Ursa, zwar blind ist, dafür aber die Angst im Menschen förmlich riechen kann. Nur wenige, wie der Ranger-General Cypher Raige (Will Smith) schaffen es, die Angst aus ihrem Bewusstsein zu verdrängen, eine Technik die Ghosting genannt wird, um so für die Ursa unsichtbar zu werden.
Bei einem Trainingsausflug stürzen Cypher Rage und sein Sohn Kitai (Jaden Smith) auf einem unter Quarantäne stehenden Planeten ab und alle Besatzungsmitglieder sterben. Da Cypher schwer verletzt ist, muss sein Sohn Notfallsender alleine bergen. Es steht einiges auf dem Spiel, denn sollte er es nicht schaffen, werden beide sterben.
Er ist zurück – die Kampfmaschine wider Willen, die sich im vorigen Teil mehr oder weniger selbst aufgegeben hat, um die Welt vor den Ceph zu retten. Prophet, der Mann im Nanosuit. Aber das Ding hat seinen Preis, denn der Nanosuit – wie wir ja jetzt wissen – wurde aus außerirdischer DNA geschaffen und Prophet ist … vielleicht kein Mensch mehr.