Eines Tages wacht Thomas (Dylan O’Brien) in einem Aufzug auf, der ihn zu „der Lichtung“ bringt, die von einer großen Steinwand umschlossen wird. Genau wie Thomas ist es auch etlichen anderen ergangen, denn auch sie wissen nicht, warum sie dort sind und wie sie dorthin gelangt sind. Sie wissen nur, dass sich jeden Tag große Türen in der Steinwand zu einem Irrgarten öffnen, der hinter den Mauern liegt. Nachts schließen sich die Türen wieder und alle 30 Tage wird ein neuer Jugendlicher mit dem Aufzug gebracht.
Das ist zunächst alles, was Thomas in Erfahrung bringen kann. Als eines Tages ein Mädchen (Kaya Scodelario) mit dem Aufzug nach oben geschickt wird, ist dies ein Novum, denn sie ist die erste Frau in der aus 60 Personen bestehenden Gruppe. Jeder einzelne hat eine bestimmte Aufgabe – einige werden ausgewählt, durch das Labyrinth zu laufen und den Verlauf der Mauern aufzuzeichnen – sogenannte Maze Runner. Doch im Irrgarten scheinen sie nicht allein zu sein.