Ceasar (Andy Serkis) hat sich wirklich viel mitgemacht. Erst wurde er in Gefangenschaft geboren, dann wurde er als Bedrohung eingestuft. Als er schließlich entkommen konnte, entkam mit ihm ein Virus und vernichtete die Menschheit beinahe. Aber Ceasar wollte und will nur eines: Freiheit für ihn und seine Mitstreiter.
Aber die traute Zweisamkeit hat nicht Bestand, denn einer seiner Vertrauten namens Koba zettelt einen Krieg an und wird dafür von Ceasar getötet. Aber zu spät, denn die ersten Schüsse sind gefallen. Die ersten Soldaten auf beiden Seiten gefallen. Der Krieg hat begonnen.
Und nun tobt er bereits ein paar Jahre. Die Menschen suchen immer noch nach dem geheimnisvollen Anführer der Affen, der angeblich irgendwo im Wald seinen geheimen Stützpunkt hat und der von dort aus die Menschheit vernichten will. Aber das wollen Ceasar und seine Gefährten überhaupt nicht. Sie wollen nur weg von den Menschen, wollen nur Ruhe und in Frieden gelassen werden.
Als jedoch eines Tages bei einem Überfall seine Frau und sein Sohn ermordet werden, wirft er alle Gedanken an Frieden über Bord, schickt seine Herde fort und will nur noch eines: Rache.
