Nachdem man im ersten Teil das (oder ein) Mutterschiff der unbekannten Aliens zerstört hat, haben sie es zwanzig Jahre später dennoch geschafft, die Herrschaft über die Welt zu übernehmen. Nicht durch eine groß angelegte militärische Aktion, sondern durch Infiltration, Spionage und Verrat. Und jetzt herrschen so genannte „Advent“-Truppen über die Erde. DNA-Kliniken ersetzen Krankenhäuser und so lange im „Big Brother“-Staat alle brav mitspielen geschieht niemanden was. Heißt es zumindest.
Zum Glück glaubt Central (bekannt aus Teil 1) nicht daran und sucht mit Hilfe von ein paar KollegInnen nach dem verscholllenen Commander. Er findet ihn auch. In Tiefschlaf versetzt und ein komisches Alienartefakt ins Hirn gerammt. Nachdem das Teil entfernt wurde, werdet ihr (als Commander) auch gleich gebrieft, denn irgendetwas stimmt mit „Advent“ nicht und da es bereits mehrere Widerstandszellen gibt liegt es an euch diese zu vereinen und gemeinsam mit eurer neuen Mannschaft und dem gekapterten Alien-Schiff „Avenger“ die Erde vor den wahren Plänen der Aliens zu retten …
