Reporterin April O’Neil (Megan Fox) will endlich mehr machen aus ihrem Job als nur lächerliche Society-Berichte zu moderieren. Daher geht sie auch in ihrer Freizeit Hinweisen nach, die heimliche Untergrundkämpfer betreffen, die sich der skrupellosen Verbrecherorganisation namens Foot Clan entgegen stellen. Als sie schließlich die Identität der Helden heraus findet, reagiert sie darauf zunächst mit einer spontanen Ohnmacht.
Vier zu humanoider Form mutierte Schildkröten im Teenager-Alter, die auch noch Ninja Fähigkeiten zu haben scheinen, haben ihr Leben gerettet. Doch wie kam es zu dieser unglaublichen Verwandlung und was hat der Geschäftsmann Eric Sacks (William Fichtner) und April´s verstorbener Vater mit der ganzen Sache zu tun? Viel Zeit zum Verdauen der Ereignisse bleibt ihr jedoch nicht, denn Shredder, der unbesiegbare Anführer des Foot Clan, hat ganz eigene Pläne mit den grünen Mutanten und diese sollten unbedingt verhindert werden.
