Vor 60 Jahren versuchen die Nazis die drohende Niederlage gegen die Allierten abzuwenden und schließen einen Pakt mit Gregori Rasputin. Dieser soll durch ein mystisches Ritual ein Portal öffnen, durch das den sieben Gottheiten des Chaos einen Weg zur Erde zu finden. Einer Spezialeinheit unter der Leitung von Professor Trevor „Broom“ Bruttenholm gelingt es die Nazis aufzuhalten und das Portal wieder zu schließen. Doch sie kommen zu spät. Ein kleiner Babydämon hatte es bereits auf die Erde geschafft.
60 Jahre später ist der junge FBI-Agent John Meyrs einer streng geheimen Regierungseinrichtung zugeteilt worden – ohne zu wissen was ihn erwartet. Professor Broom ist inzwischen Leiter der B.P.R.D.( Bureau for Paranormal Research and Defense). Der kleine Babydämon von dazumals ist inzwischen groß geworden und trägt den Namen Hellboy. Zusammen mit dem telepatisch begabten „Meerman“ Abraham „Abe“ Sapiens wird Brooms Team immer dann aktiv, wenn paranomale Kräfte die Menschheit bedrohen. Die neuste Bedrohnung geht von einem alten Bekannten aus: Gregori Rasputin!
