Desmond Miles hat einen wirklich schlechten Tag. Nicht nur, dass er entführt wurde, er wird auch noch in ein Gerät namens Animus gesteckt, mit welchem er durch „genetische Erinnerungen“ in die Haut seiner Vorfahrens schlüpfen kann und deren Leben nachspielt. Wozu? Desmond ist einer Nachfahre eines der größten Assassinen der Geschichte. Und dieser Meister-Meuchelmörder hat ein „Stück von Eden“ gefunden, das es seinem Besitzer erlaubt, anderen Menschen seinen Willen aufzuzwingen.
Genau dieses Stück wollen Desmonds Entführer haben und deshalb wird er gezwungen in seinen Erinnerungen nach dem Versteck des „Edenapfels“ zu suchen. Desmonds Entführer entpuppen sich als Templer, die erklärten Widersacher der Assassinen, und Desmond befindet sich nun in doppelter Hinsicht mitten in diesem Krieg: Auf der einen Seite durch das Leben seines Vorfahren, das er nach und nach erlebt. Auf der anderen Seite wird Desmond ziemlich deutlich klar gemacht, dass er kein „Gast“ ist, sonderne in Mittel zum Zweck.
Desmond Miles hat einen wirklich schlechten Tag. Aber das ist erst der Anfang seiner Geschichte …