Egal wie waghalsig die Aktionen auch sein mögen oder wie unmöglich zu lösen die Geheimnisse sind, die Librarians haben noch jedes gefährliche Artefakt gefunden und sicher verwahrt. Flynn Carsen (Noah Wyle) hat sich langsam aber sicher damit angefreundet, nach Jahren als Einzelgänger, mit einem Team zusammen zu arbeiten. Wobei natürlich auch der Wettstreit nie zu kurz kommen darf. Durch einen Fund eines Sarkophags bei einer Ausgrabungsstätte wird eines Tages unabsichtlich Apep wieder erweckt, der ägyptische Gott des Chaos.
Dieser will das Gleichgewicht der Erde stören, die Welt in Finsternis stürzen und das Böse soll regieren. Kann Flynn zusammen mit den anderen Librarians Jake Stone (Christian Kane), Cassandra Cillian (Lindy Booth), Ezekiel Jones (John Harlan Kim) und Beschützerin Eve Baird (Rebecca Romijn) diesen Feind besiegen, der eine Geschichte mit der Bibliothek hat und der mächtiger ist, als alle ihre früheren Gegner?