Durch einen Zwischenfall verliert der Silver Surfer die sogenannten Cosmic Bricks, die darauf hin überall auf der Erde verstreut werden. Der Schurke Doktor Doom sieht seine Chance endlich gekommen, mit Hilfe dieser Steine den Doom Ray of Doom zu bauen und so zum mächtigsten Wesen der Erde zu werden. Darum schart er Magneto, Loki, Doktor Octopus und zahlreiche andere Bösewichte um sich, um seinen Plan zu verwirklichen. Natürlich lassen sich da unsere Lieblingshelden nicht lange bitten und so nehmen Spider-Man, Iron-Man, Wolverine, Hulk und alle ihre Teammitglieder/Freunde die gefährliche Aufgabe an, sich dieser feindlichen Übermacht entgegen zu stellen.
„Lego Marvel Super Heroes“ bietet Fan-Service in Reinkultur. Mit Hilfe von beinahe unzählbar vielen liebevollen Anspielungen, werden sowohl die Herzen der jüngeren Generation erfreut, die die Super-Helden vor allem seit den Kinofilmen rund um die „Avengers“ kennen, als auch die der langjährigen Comicfans, denen einige Storylines ein vertrautes Schmunzeln auf ihre Gesichter zaubern dürfte. Gefühlsmäßig ist hier beinahe hinter jedem Lego Stein, ein kleines Geheimnis aus der jahrelang aufgebauten Marvel Geschichte versteckt.