Der junge Waise Raizo (Rain) wurde als Kind von der Strasse aufgelesen und seit dem in einer geheimen Ninjaschule zur erbarmungslosen Killermaschine ausgebildet.
Die einzige Liebe, die er erfährt, kommt von der Kunoichi (einer weiblichen Ninja) Kiriko, die jedoch wegen einer versuchten Flucht von Raizo´s Erzrivalen Takeshi (Rick Yune) öffentlich hingerichtet wird. Als Raizo nach seinem ersten blutigen Auftrag ein weiteres, dem Clan untreu gewordenes Mädchen umbringen soll, verletzt er statt dessen seinen Meister Ozunu (Sho Kosugi) im Gesicht und stellt sich damit gegen seine eigenen Leute.
Schwer verletzt kann er flüchten und führt seither ein unruhiges Leben im Untergrund, bei dem er sich nie sicher sein kann, wie nahe ihm die Mitglieder seiner „Exfamilie“ wirklich auf den Fersen sind.
Jahre später untersucht die Europol Agentin Mika Coretti (Naomi Harris) eine Reihe von politischen Morden, die allesamt zu den lautlosen Killern des Ozunu Ordens führen.
Schnell landet Mika mit ihren anfänglich belächelten Nachforschungen auf der Abschussliste der Ninjas, kann von Raizo jedoch in letzter Sekunde gerettet werden. Gemeinsam begibt sich das ungleiche Team auf die Flucht und entwickeln einen Plan, wie sie Ozunu und seine Bande entgültig vernichten können.
