Ein Agent vom Cobra Kommando hat erfolgreich die amerikanische Regierung infiltriert und den amerikanischen Präsidenten ersetzt. Er erklärt den G.I. Joes den Krieg und lässt die ganze Truppe durch einen Überraschungsangriff töten.
Die Überlebenden des Angriffs, Roadblock (Dwayne Johnson), Lady Jane (Adrianne Palicki) und Flint (D.J. Cotrona), kämpfen seither nicht nur gegen eine unvorstellbare Übermacht, sondern versuchen auch zu verhindern, dass Cobra Commander seinem Ziel von der absoluten Weltherrschaft zu nahe kommt.