Ethan Hunt (Tom Cruise) genießt mittlerweile ein relativ normales Leben mit seiner Verlobten Julia (Michelle Monaghan), hat dafür seinen Job als Agent beim IMF aufgegeben und eine vergleichsweise ruhige Stelle als Ausbilder angenommen.
Als Hunt erfährt, dass seine ehemalige Schülerin Lindsey Farris (Keri Russel) während ihren Ermittlungen bezüglich des Waffenhändlers Owen Davian (Philip Seymour Hoffman) gefangen genommen wurde, kehrt er in den aktiven Dienst zurück. Hunt muss bald feststellen, dass er es bei Davian mit einem ernstzunehmenden Gegner zu tun hat – und was hat es eigentlich mit der Hasenpfote auf sich?