Mutanten. Seit dem Bekanntwerden ihrer Existenz hat man sie mit Furcht, Misstrauen und oft auch Hass betrachtet. Überall auf der Erde gibt es hitzige Debatten. Sind Mutanten das nächste Glied in der Kette der Evolution oder nur eine neue Spezies der Menschheit, die um ihr Recht auf Leben in dieser Welt kämpft? Wie dem auch sei, es ist eine historische Tatsache, dass sich die Menschheit noch nie dadurch ausgezeichnet hat, ihre Welt mit anderen zu teilen.
Nachdem ein Mutant den Präsidenten angegriffen hat, beauftragt dieser William Stryker (Brian Cox) damit, das Mutantenproblem zu lösen. Stryker hat unglücklicherweise Zugang zu Eric Lensherr (Ian McKellen) der ihm, zugegeben nicht ganz freiwillig, alles über Professor Xaviers (Patrick Stewart) Schule für Begabte erzählt hat. Mit diesem Wissen plant Stryker nicht nur die Anzahl der Lehrer/Schüler deutlich zu reduzieren, sondern trachtet ausnahmslos allen Mutanten nach dem Leben.
