Isaac Clarke wacht auf. Es muss ein Albtraum gewesen sein, denn so gräßliche Dinge, wie er geträumt hat, können nicht passiert sein. Aber die Realität sieht anders aus. Er trägt eine Zwangsjacke und wird von einem jungen Mann befreit, der ihm erklärt, dass er auf der Raumstation Sprawl ist und etwas Schreckliches … weiter kommt er nicht, denn dann bohrt sich ein Nekromorphstachel in sein Hirn und er mutiert. Isaac – noch immer in der Zwangsjacke – muss fliehen.
Immerhin scheint er nicht der einzige Überlebende zu sein, denn die Sprawl ist groß und so trifft er über Funk auf Bekannte, die ihm helfen wollen und auf Menschen, die wohl eher … zwielichtig, verrückt und teilweise zu Recht skeptisch sind. Denn Isaac fehlen fünf Jahre. Er weiß nur, dass irgendetwas mit ihm gemacht wurde und die Nekropmorphs ein weiteres Mal aufgehalten werden müssen.
Das größte Problem ist dieses Mal jedoch Isaacs Verstand, denn – war er im ersten Teil schon nicht ganz zurechnungsfähig – so dreht er aufgrund seiner Schuldgefühle dieses Mal wirklich durch. Und die Bezeichnung „Selbstverletzendes Verhalten“ hat in diesem Fall eine überaus schwerwiegende Bedeutung.