Die Zeit ist um. Während Neo noch im Koma liegt und die Flotte sich fragt, wie die Gegenattacke gegen die Maschinen so schiefgehen konnte, bricht innerhalb der Matrix alles zusammen, denn Smith hat beinahe die vollständige Kontrolle erlangt.
Trinity weiß, dass Neo mittlerweile auch außerhalb der Matrix die Maschinen mit Gedankenkraft stoppen kann (fragt mich jetzt nicht, warum) und setzt alles daran ihren Liebsten wiederzufinden und aus den Klauen des „Train Man“ zu befreien.
Während also Heerscharen von Maschinen über Zion herfallen und die Verteidigung der Stadt zerbröckelt machen sich Trinity und Morpheus unterstützt von Niobe auf, um Neo zu retten, der danach die Welt retten soll.
Die Reise von Neo führt letzten Endes mitten in die Stadt der Maschinen …