Nachdem Fin (Ian Ziering) den Weltuntergang nicht verhindern konnte und von seinem Sohn durch eine Zeitreise in die Vergangenheit gezerrt wurde, befindet er sich plötzlich in der Steinzeit wieder, weil … Zeitreisen kompliziert sind.
Dort trifft er auch unerwarteterweise auf seine Frau April (Tara Reid), seine Kumpelin Nova (Cassandra Scerbo) und ehemaligen Stammgast Bryan (Judah Friedlander), die allesamt im letzten Augenblick von Fins Sohn gerettet und an diesen Ort und in diese Zeit gebracht wurden, um gemeinsam den allerersten Sharknado zu vernichten, damit dieses „Phänomen“ nicht später die Welt vernichten kann.
Das Ganze stellt sich als ein wenig schwieriger heraus als zunächst gedacht, da sich der Sharknado, kaum ist er in dieser Zeit zerstört, in einer anderen Zeitebene manifestiert. Also beginnt eine wilde Jagd durch die Geschichte …