Da sein Vater an Alzheimer leidet ist es dem Forscher Will (James Franco, 128 Stunden, Spiderman 1-3) ein Anliegen einen Impfstoff dagegen zu finden und unerwarteterweise gelingt es auch, den Testprimaten „Bright Eyes“ zu heilen. Nicht nur das – auch die Intelligenz des Tieres wird dadurch mehr als nur beflügelt. Als Will seinen Geldgebern den Impfstoff vorstellen will, passiert das denkbar Schlimmste: „Bright Eyes“ dreht durch, geht auf ihre Wärter los, kracht mitten in Wills Präsentation – und wird erschossen. Geld ade, Forschung ade, Job ade.
Wärter Franklin und Will entdecken allerdings rasch den Grund für „Bright Eyes“ seltsames Verhalten: Sie hat vor ein, zwei Tagen ein Junges geboren, dass sie schützen wollte und deshalb wurde sie aggressiv. Während Franklin den Auftrag bekommt, alle Primaten einzuschläfern (zu gefährtliche Tiere), schmuggelt er mit Will das Affenbaby nach draußen. Will passt darauf auf und gewöhnt sich sehr schnell an das Kleine – vor allem auch sein wissenschaftliches Interesse hält ihn bei der Stange, denn „Ceasar“ (Andy Serkins, Herr der Ringes Gollum, King Kong), wie das Junge genannt wird, hat die Intelligenz seiner Mutter geerbt und ist mehr als nur ein gewöhnlicher Affe. Inspiriert von Ceasars Intelligenz beginnt Will den Impfstoff an seinem Vater zu testen – mit unerwartet tollen Ergebnissen.
Aber dummerweise greift Ceasar einen Nachbarn an, der Wills Vater offensichtlich angreift – Ceasar will ihn schützen, verletzt den Nachbarn aber und so wird er in ein spezielles Tierheim für Primaten gebracht, während Will versucht den Impfstoff massentauglich zu machen und nebenbei Ceasar aus dem Heim befreien will – was leichter klingt als es ist in Wahrheit ist. Und nach und nach macht sich Frust in Ceasar breit, der behandelt wird wie ein Tier und Tag für Tag zusehen muss, wie seine Affenkollegen und -Innen misshandelt werden. Und eines Tages ist es der Unterdrückung genug …