Nach dem (bitteren) Ende von Teil 1 wacht Alice im Krankenhaus auf, ist allein und auf sich gestellt – die Stadt leer, alles ist verwüstet. Und es dauert nicht lange, bis die Sachlage völlig klar ist: Das Virus ist aus dem „Hive“ entkommen und die gesamte Stadt ist infiziert.
Das Militär hat alle Ausgänge blockiert und tötet alles und jeden, der oder die zu fliehen versuchen. Alice sammelt eine Gruppe Überlebender (darunter die aus den Spielen bekannte Figur Jill Valentine) und sucht einen Weg nach draußen, während die Umbrella Corporation einen Übermutanten im Rahmen des „Projekt: Nemesis“ zu Testzwecken auf die Stadt loslässt. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt …