Lara Croft (Alicia Vikander) ist die Erbin von Richard Croft (Dominic West), Inhaber von Croft Holdings. Der gute Mann ist bei einem seiner Jobs verschwunden und wird seit sieben Jahren vermisst. Seine Lebensgefährtin Ana Miller (Kristin Scott Thomas) findet, dass Lara lange genug getrauert und sich ihres Erbes verwehrt hat – es sei an der Zeit ihre Nachlass anzutreten.
Lara weigert sich, sieht aber ein, dass sie nicht für immer die Augen vor der Wahrheit verschließen kann. Just als sie den letzten Willen unterschreiben will, bekommt sie vom Anwalt eine Box ausgehändigt. In dieser Box hat ihr Vater ein Rätsel versteckt und Lara entdeckt ein Geheimnis, welches ihr Vater jahrelang vor ihr verborgen hat. Also macht sie sich auf, um seinen Spuren und Hinweisen zu folgen.
Nach ein paar Irrungen landet sie auf einer abgelegenen Insel, schlägt sich mit Söldern herum und versucht die Auferstehung der Todesgöttin Himiko zu verhindern, auch wenn sie nicht an Übernatürliches glaubt.
