Im Jahr 1914 finden Archäologen Inschriften über das unfassbar Böse, dass alle 5000 Jahre kommt, um alles Leben auf der Erde zu zerstören, und über die einzige brauchbare Waffe dagegen: das fünfte Element – wobei die vier Elemente Feuer, Wasser, Erde und Luft in Form von Steinen rundherum angebracht sind. Außerirdische nehmen das fünfte Element mit, versprechen aber es rechtzeitig zurück zu bringen.
Als es 2263 endlich soweit ist, wird das Raumschiff abgeschossen und zerstört. Das Militär kann aber das fünfte Element – ein genetisch perfekter Mensch der auf den Namen Leeloo (Milla Jovovich) hört – aus geborgenem genetischen Material wiederherstellen. Bei der Flucht aus der Einrichtung landet sie in den Armen von Militärveteran und Taxifahrer Korben Dallas (Bruce Willis), der Leeloo bei der Beschaffung der Steine und der Erfüllung ihres Schicksals hilft.