Cal Lynch (Michael Fassbender) hat einen wirklich schlechten Tag. Nicht nur, dass er quasi (fast) umgebracht und entführt wurde, er wird auch noch in ein Gerät namens Animus gesteckt, mit welchem er durch „genetische Erinnerungen“ in die Haut seiner Vorfahrens schlüpfen kann und deren Leben nachspielt. Wozu? Cal ist ein Nachfahre eines der größten Assassinen der Geschichte namens Aguilar. Und dieser Meister-Meuchelmörder hat den „Apfel von Eden“ gefunden, der es seinem Besitzer erlaubt, anderen Menschen seinen Willen aufzuzwingen.
Genau diesen wollen seine Entführer haben und deshalb wird er gezwungen in seinen Erinnerungen nach dem Versteck des „Edenapfels“ zu suchen. Cals Entführer entpuppen sich als Templer, die erklärten Widersacher der Assassinen, und er befindet sich nun in doppelter Hinsicht mitten in diesem Krieg: Auf der einen Seite durch das Leben seines Vorfahren Aguilar zur Zeit der Spanischen Inquisition. Auf der anderen Seite wird Cal von Rikkin (Jeremy Irons), CEO von Abstergo, einer Templer-Strohmann-Firma, ziemlich deutlich klar gemacht, dass er kein „Gast“ ist, sondern ein Mittel zum Zweck, auch wenn seine Tochter Sofia (Marion Cotillard), das gern anders hätte. Cal Lynch hat einen wirklich schlechten Tag. Aber das ist erst der Anfang seiner Geschichte …
