Während einer diplomatischen Mission erhält die Enterprise-E die Nachricht, dass Lt. Commander Data (Brent Spiner), auf der Heimatwelt der Ba´ku, offenbar Amok gelaufen ist und einen getarnten Beobachtungsstützpunkt der Föderation angegriffen haben soll.
Vor Ort kommt die Crew, unter dem Kommando von Jean-Luc Picard (Patrick Steward), einer Verschwörung auf die Spur. Picard beschließt daraufhin, sich gegen die Sternenflotte auf die Seite der Ba´ku zu stellen.
Henry erwacht in einem Wassertank. Teilweise. Estelle (Haley Bennett) setzt ihn langsam wieder zusammen, steckt den Kopf auf dem Rumpf, lässt den Arm befestigen und dreht den Fuss wieder hinein. Sie erklärt ihm sie sei seine Frau und dass sie ihn noch immer liebt. Derzeit könne er noch nicht sprechen, doch das Sprachmodul werde gleich als nächstes eingebaut. Plötzlich bricht jedoch Akan (Danila Kozlovsky) mit seinen Männern in das Labor ein.
Einige Männer sterben und bei der anschließenden Flucht, kommt Henry zwar davon, doch Estelle wird gefangen genommen. Ein Mann namens Jimmy (Sharlto Copley) rettet Henry und erklärt ihm, dass er eine neue Batterie braucht um seine Frau zu retten. Bevor er mehr erzählen kann, wird Jimmy jedoch erschossen. Kurz darauf ist Jimmy wieder da, mit langem Bart und verändertem Akzent. Alles soweit noch klar? Willkommen in Henry´s Welt!
Nach einer Explosion auf dem Mond Praxis steht das klingonische Reich vor dem Untergang. Obwohl er sich kurz vor seinem Ruhestand befindet, bekommt Captain James T. Kirk (William Shatner) den Auftrag, dem klingonischen Kanzler Gorkon (David Warner) für Friedensverhandlungen ein sicheres Geleit zur Erde zu bieten.
Nach einem gemeinsamen Dinner mit den Klingonen, wird das Schiff des Kanzlers, scheinbar von der Enterprise, angegriffen und der Kanzler getötet. Kirk und McCoy werden in einem Schauprozess zu lebenslanger Haft verurteilt, während Spock (Leonard Nimoy) versuchen herauszufinden, wer wirklich hinter dem Angriff steckt.
Jenny (Elisabeth Morris) braucht Geld um für ihre Schwester sorgen zu können. Also nimmt sie einen Job an, der sie in eine sehr seltsame Situation zwingt. Gemeinsam mit zwei anderen Kollegen muss sie auf ein paar extrem intelligente Kinder aufpassen, die irgendwo tief unter der Erde in einem großen, geheimen Komplex mit Virtual-Reality-Brillen schneller lernen sollen.
Auch Jenny, Tiggs (Kara Tointon) und Darby (Elliot James Langridge) müssen VR-Brillen (bzw. eigentlich sind es Augmented Reality-Brillen) tragen, da sie ohne diese in absoluter Dunkelheit herumstehen würden. Nur durch die Brillen sieht man etwas: Kunterbunt, Neon und seltsam. Vor allem als die Kinder „beschließen“ ihre Aufpasser nicht mehr zu mögen …
Der Planet Nimbus III in der neutralen Zone war früher ein gemeinsames Projekt der Föderation, der Klingonen und der Romulaner. Hier kommt es zu einem Zwischenfall, bei dem Spocks (Leonard Nimoy) Bruder, Sybok (Laurence Luckinbill), die Repräsentanten der drei Fraktionen in seine Gewalt bringt. Captain Kirk (William Shatner) wird samt Crew und seiner neuen und noch nicht ganz fertigen Enterprise nach Nimbus III geschickt, um die Ordnung wiederzustellen.
Während der Botschafter der Klingonen die Auslieferung von Admiral Kirk (William Shatner) fordert, befindet sich dieser samt Crew im Exil auf dem Planeten Vulkan. Nach drei Monaten beschließen Kirk und seine Mannschaft, zur Erde zurückzukehren und die Verantwortung für die Geschehnisse rund um das Genesis-Projekt zu übernehmen.
Gleichzeitig nähert sich eine Sonde der Erde, deren Signale sämtliche Energiesysteme zusammenbrechen lassen. Spock (Leonard Nimoy) stellt fest, dass die Signale scheinbar an Buckelwale gerichtet sind. Da diese ausgestorben sind, entschließt man sich in die Vergangenheit zu reisen um sie ins 23. Jahrhundert zu holen.
Spocks (Leonard Nimoy) sterbliche Überreste wurden im All beigesetzt und landen auf dem Planeten der durch das Genesis-Projekt entstanden ist. Kurze Zeit später stellt sich heraus, dass Spock seinen Geist auf Dr. McCoy (DeForest Kelley) übertragen hat. Nun ist es an Admiral Kirk (William Shatner) McCoy und Spocks Körper nach Vulkan zu bringen. Leider ist der Planet Genesis Sperrgebiet und die Enterprise wurde außer Dienst genommen.
Die Besatzung des Förderationsraumschiffs Reliant ist auf der Suche nach einem unbelebten Planeten, der für einen Test des Genesis-Projekts geeignet ist. Während der Erkundung eines Wüstenplaneten stoßen Reliants Captain Terrell (Paul Winfield) und sein erster Offizier Commander Chekov (Walter Koenig) auf Khan (Ricardo Montalban), einen durch genetische Experimente optimierten Supermenschen.
Khan hat mit James T. Kirk (William Shatner) noch eine alte Rechnung offen. Währenddessen befindet sich Admiral Kirk zwecks Inspektion an Bord seines einstigen Raumschiffes, der Enterprise, auf dem unter Captain Spock (Leonard Nimoy) Kadetten ausgebildet werden. Als die Enterprise einen Hilferuf empfängt, übernimmt Kirk das Kommando und muss beweisen, wessen Intellekt der überlegenere ist: sein eigener oder Khans.
Eine riesige, scheinbar unaufhaltsame Energiewolke steuert auf die Erde zu. Der inzwischen zum Admiral beförderte James T. Kirk (William Shatner) übernimmt das Kommando über die runderneuerte Enterprise, um die Wolke nach Möglichkeit abzufangen. Gleichzeitig spürt Spock (Leonard Nimoy) auf dem Planeten Vulkan das Vorhandensein der Wolke und beschließt sich der Crew der Enterprise anzuschließen.
Ein Team der Avengers, bestehend aus Captain America (Chris Evans), Falcon (Anthony Mackie, Black Widow (Scarlett Johannson) und Scarlet Witch (Elisabeth Olsen), ist gerade dabei den Schurken Crossbones (Frank Grillo) aufzuhalten, als etwas schief geht und unzählige Zivilisten sterben.
Die Avengers sollen daraufhin die „Sokovia Vereinbarungen“, eine Initiative bei der der ehemalige General Ross (William Hurt) federführend war, unterzeichnen. Damit wären sie der UN unterstellt, womit nicht alle einverstanden sind.
