„Mass Effect: Paragon Lost“ erzählt die Geschichte von James Vega, und seiner Einheit an Allinaz Marines, die auf einem abgelegenen Planeten stationiert wurden, um die Bewohner vor einer unbekannten Alienrasse zu beschützen, die schlicht „Kollektoren“ genannt wird.
Es dauert aber nicht lange, wird die Kolonie trotzdem überrannt und Vegas Vorgesetzter stirbt. Der junge Marine muss das Kommando übernehmen um die Kolonie zu retten, wichtige – für die gesamte Galaxis – Info bergen und wird letztlich dazu gezwungen die schwerste Entscheidung seines Lebens zu treffen. Denn seine Nichte und Schwester befinden sich ebenfalls auf dem Planeten.