Clownfisch Marlin (Albert Brooks) hat es nicht leicht. Ein Barrakuda greift die heimische Behausung an und verschlingt nicht nur seine Frau, sondern auch den größten Teil der gemeinsamen Kinder mit einer Ausnahme. So kommt es dass Marlin seinen Sohn Nemo (Alexander Gould) alleine großziehen muss und ist dementsprechend überfürsorglich. Als Nemo an seinem ersten Schultag von einem Taucher entführt wird setzt sein Vater alles daran, ihn zu retten.
Nemo selbst findet sich kurze Zeit später im Aquarium eines Zahnarztes mit ein paar Mit-Fischen wieder, die nur ein Ziel haben: Raus aus dem Aquarium und raus in die unendliche Freiheit des Ozeans.