Ein Jahr nachdem die vier Turtles den schrecklichen Shredder daran gehindert haben die Stadt zu zerstören, leben Leonardo, Raphael, Donatello und Michelangelo noch immer im Untergrund, in ihrem Versteck im Abwassersystem der Stadt New York. Als deren Freundin – die Reporterin April O’Neil (Megan Fox) – Beweise findet, dass der Wissenschaftler Baxter Stockman (Tyler Perry) an einem Plan arbeitet Shredder während eines Gefangenentransportes zu befreien, macht sich das Quartett natürlich sofort auf, das zu verhindern.
Shredder gelingt jedoch die Flucht, indem er von neuartiger Technologie, wegteleportiert wird. Wäre das nicht schon schlimm genug trifft er dabei auch noch auf einen außerirdischen mit dem Namen Krang. Dieser verbündet sich mit Shredder und gemeinsam wollen sie dessen Maschine durch ein Dimensionstor in unsere Welt bringen, um die gesamte Erde zu beherrschen. Werden die vier Turtles, April, ihr alter Kumpel Vernon (Will Arnett) und der Polizist Casey Jones (Stephen Amell) stark genug sein, um dieses übermächtige Team aufzuhalten?
