Die Zwillingsbrüder Jared und Simon (2 x Freddie Highmore), ihre Schwester Mallory (Sarah Bolger) und ihre leicht durch ihre Scheidung traumatisierte Mutter Helen (Marie-Louise Parker) verlassen New York und ziehen in das leicht herunter gekommene Spiderwick Anwesen ein, dass Helen von einer entfernten Verwandten hinterlassen wurde. Jared ist von diesem Umzug wenig bis gar nicht begeistert und bemüht sich von Herzen, alles schlecht zu finden.
Auf einem Streifzug durch das geheimnisvolle Haus findet er das „Handbuch der magischen Geschöpfe“. Darin beschrieben sind magische Kreaturen – ihr Vorkommen, ihr Aussehen. Doch außen steckte ein Umschlag, mit der Warnung das Buch keinesfalls zu öffnen, da sonst Schreckliches passieren würde. Doch natürlich wurde die Warnung in den Wind geschlagen und die drei Geschwister müssen versuchen, das Buch von den Fängen des Mulgaraths (Nick Nolte) fern zu halten. Ein Abenteuer beginnt.