Elisa Esposito (Sally Hawkins) kann nicht sprechen. Sie lebt allein, kommuniziert über Gebärdensprache mit ihrem Nachbarn Giles (Richard Jenkins) und ihrer Arbeitskollegin Zelda (Octavia Spencer). Der Job als Putzfrau in einem Forschungslabor in den 60iger Jahren ist zwar nicht der Tollste, aber immerhin kann sie sich davon über Wasser halten.
Als Agent Strickland (Michael Shannon) eine Kreatur in die Forschungsanlage bringt, um an ihr Experimente durchführen zu können, entwickelt Elisa allerdings zuerst einen Beschützerinstink und später sogar echte Zuneigung. Der Kreatur (Doug Jones) scheint es ebenfalls so zu gehen.
Ein kühner Plan wird gefasst und Dr. Hofstetler (Michael Stuhlbarg) könnte sich – aus mysteriösen Gründen als Helfer erweisen …