Die unter den Straßen der Stadt Cheesebridge hausenden Boxtrolls, werden von den Bewohnern der Stadt gefürchtet. Es ranken sich allerhand Schauergeschichten um die in Pappkartons lebenden Monster, die nur nachts ihre unterirdische Heimat verlassen, um in den Abfällen der Menschen nach allerlei Interessantem zu suchen. Der verschlagene Archibald Snatcher (Ben Kingsley) tut sein Bestes, den Ruf der Kobolde zu ruinieren, denn er möchte die kleinen Trolle ausrotten, um sich in der Oberschicht der Gesellschaft zu etablieren.
In Wirklichkeit handelt es sich bei den scheuen Kreaturen um äußerst liebenswerte Wesen, die sich wie eine Familie kümmern um den Waisenjungen Eggs (Isaac Hempstead-Wright), den sie bei sich aufgenommen haben. Als der die Bürgermeistertochter Winnifred (Elle Fanning) kennenlernt, wollen die Kinder die Erwachsenen von Cheesebridge darüber informieren, was Snatcher im Schilde führt, doch der will dies mit allen Mitteln verhindern.
