Wir schreiben das Jahr 2707. Die natürlichen Ressourcen der Erde sind aufgebraucht, die vier mächtigsten Konzerne der Welt kämpfen erbittert mittels Waffengewalt um die Vorherrschaft. Bei einer dieser Schlachten wird ein antikes Steinsiegel zerstört, und ein uralter Feind steigt wieder aus seinem Gefängnis. Nekromutanten mit spitzen Knochenklingen statt Händen töten reihenweise Menschen und zerren sie zu einer Maschine tief unter der Erde, die verletzte und sogar tote Menschen ebenfalls in Mutanten verwandelt.
Die Führer der Konzerne wollen die Erde schon aufgeben und von ihr auf andere Planeten flüchten, doch Bruder Samuel (Ron Perlman), Führer einer uralten Bruderschaft hat eine andere Lösung. Er ist im Besitz des Buches, das die Menschen retten wird, den Chroniken der Mutanten. Samuel sammelt daraufhin eine kleine Gruppe todesmutiger Krieger um sich (unter ihnen Thomas Jane als Major Mitch Hunter), die mitsammen in die Tiefe klettern, um die menschenverwandelnde Maschine zu zerstören und so die Erde zu retten.
