Es ist soweit. Niemand dachte, dieser Tag könne oder werde kommen, aber dennoch ist er da: Aliens! Sie überfallen die Erde. Niemand weiß, woher sie kommen, oder was sie wollen. Viele Nationen der Erde schließen sich zusammen und gründen eine Abwehrtruppe: XCOM. Ausgestattet mit wenigen Ressourcen dafür motivierten MitarbeiterInnen liegt es am Commander der Einsatztruppe, die Beweggründe der Aliens zu erforschen, ihre UFO-Entführungen zu verhindern und die Invasion aufzuhalten.
Dabei gibt es eine Menge Probleme, denn Rekruten gibt es wenige, die Ausrüstung hinkt der Technologie der Aliens immer hinterher, das Geld ist meist knapp und wenn in einem Staat Panik ausbricht, dann steigt er mitsamt Finanzierung aus dem XCOM-Projekt aus. Schlechte Chancen also für den neuen Commander und auch die Menschheit …