Bei einer schrecklichen „Naturkatastrophe“, sterben alle Bewohner eines Reservates bis auf Dani Moonstar (Blu Hunt). Sie erwacht an ein Bett gekettet in einem Gebäude, dass wie ein Krankenhaus wirkt. Dr. Reyes (Alice Braga) besucht sie und offeriert ihr, dass sie eine Mutantin ist und so lange in diesem Institut bleiben muss bis klar ist, dass sie keine Gefahr für sich selbst darstellt.
Dani ist dabei nicht der einzige junge Mutant hier, neben ihr wohnen auch Illyana (Anya Taylor-Joy), Rahne (Maisie Williams), Sam (Charlie Heaton) und Roberto (Henry Zaga) hier und keiner von ihnen hat seinen/ihren Platz in dieser Welt bis jetzt gefunden. Doch wer sind die Vorgesetzten von Dr. Reyes und was führen sie wirklich im Schilde? Und was bewirkt die unheimlichen Erscheinungen, die die fünf Bewohner dieser Einrichtung plötzlich sehen?