Alice (Milla Jovovich) erwacht. Und zwar allein. Es dauert eine Weile bis sie sich orientieren kann, aber die Erinnerung kommt rasch wieder. Umbrella hat sie geschnappt. Sie ist erneut eingesperrt, aber sie hat keine Ahnung, „wo“ das ist. Als plötzlich die Türen aufgehen, sie ihren Kampfanzug wieder bekommt und sich aus dem Staub macht tauchen viele neue Fragen auf. Das Testcenter. Dort ist Alice gefangen und dort wurden in Simulationen all die Virus-Attacken auf die Welt verübt. Übeltäter bei der ganzen Geschichte ist – man höre und staune – die Red Queen. Der Supercomputer aus dem ersten Teil des Franchise. Durch die Hilfe von Ada Wong (Bingbing Li) einer undurchsichtigen Agentin, entkommt Alice und erfährt, dass sie sich erst durch die Testkammern ballern muss, um aus dem Testcenter zu entkommen.
Aber Hilfe naht. Von der anderen Seite versucht eine Truppe Söldner Alice zu erreichen, denn noch immer ist ihr Blut das Gegenmittel zum Virus – unter den Söldnern auch alte Bekannte aus vorigen Filmen (Carlos Olivera, gespielt von Oded Fehr) und Neuzugängen, bekannt aus den Spielen (Leon S. Kennedy, gespielt von Johann Urb). Quer durch den Komplex gejagt werden sie von einer alten Weggefährtin namens Jill Valentine, die genauso wie Claire im Teil 4, durch ein seltsames Gerät kontrolliert wird. Als wäre das nicht schon Problem genug, stellt Alice auch noch fest, dass im gesamten Areal Klone von ihr selbst und vielen ihr Bekannten herumlaufen, die allesamt verschieden programmiert wurden …
