Ein Hacker treibt sein Unwesen und versucht das globale Netzwerk (sprich: Internet) zu umgehen. Er kann sogar Menschen hacken, ihre Identität völlig zerstören und ihnen neue Erinnerungen geben, damit sie tun, was er von ihnen will.
Die Sektion 9 ist ihm auf der Spur und soll ihn aufhalten – allen voran Major, ein Cyborg. Sie soll unter anderem mit ihren Kollegen Batou alles daran setzen, diesen Superhacker zu eliminieren. Aber interessanterweise scheint jemand aus den eigenen Reihen, konkret aus Sektion 6, dies verhindern zu wollen.
Es liegt nun an Major, die ihr Dasein und die dünne Linie zwischen Mensch und Maschine schon längere Zeit beschäftigt und mit ihrem Dasein immer wieder hadert, aufzudecken, was geschehen ist …