Eines Verbrechens verurteilt, das er nicht begangen hat, wird „Joker“ auf eine andere Schule versetzt und in die Obhut eines entfernten Verwandten übergeben. Dort machen schnell die Gerüchte über den „Neuen, der ein Verbrecher ist“ die Runde. Mehr durch Zufall als durch Absicht trifft Joker auf Ryuji, der aufgrund einer Verletzung am Bein aus dem „Lauf-Team“ gefallen ist und der nun verbittert durch die Schule streift und als Problemkind bekannt ist.
Als sie auf dem gemeinsamen Weg zur Schule plötzlich anstatt vor der besagten Schule vor einem riesigen Palast stehen, sind sie zuerst nur verwundert und der Meinung, sie seien falsch abgebogen. Rasch landen sie jedoch im Kerker und treffen dort eine sprechende … Katze („Ich bin keine Katze!“), die ihnen erklärt, dass sie irgendwie ins „Metaverse“ gelangt sind. Eine Parallelrealität in der sich so genannte „Paläste“ manifestieren, wenn die Wünsche und Sehnsüchte von Menschen arg verzerrt sind und überhebliche Ausmaße annehmen.
Auf der Suche nach einem Ausgang werden sie immer wieder von „Schatten“ attackiert. Diese Attacken führen allerdings primär dazu, dass sich die Joker und Ryuji anfreunden und etwas tief in ihrem Inneren berührt wird: Ihre rebellische Seite erwacht und will sich das nicht länger bieten lassen – dieser Gedanke des Aufbegehrens manifestiert sich in der Form von „Personas“, die über spezielle Fähigkeiten verfügen.
Der Aufschrei gegen die Ungerechtigkeit beginnt. Es wird nicht der letzte Palast sein, den Joker stürmen muss. Und es wird sich eine ganze Truppe an Mitstreitern an seiner Seite versammeln, alle aus verschiedenen Gründen, aber alle mit dem Willen, die Welt endlich zu einem gerechteren und besseren Ort zu machen …
