Nachdem Alice verschwunden ist und das Virus sich über die halbe Welt ausgebreitet hat, gibt es für Umbrella nur einen logischen Schritt. Da das Antivirus in der „Waffe Alice“ schlummert, muss sie geklont werden, auch wenn sich rasch herausstellt, dass die Klone nicht gleich wie das Original reagieren.
Währenddessen versteckt sich Alice (Milla Jovovich) in der Sandwüste, um unentdeckt zu bleiben – aber die Genmanipulationen an ihrem Körper und ihrem Geist lassen ihr keine Ruhe. Durch Zufall trifft sie auch andere umherziehende Überlebende, wie Claire Redfield (Ali Larter, bekannt aus Heroes) und Carlos (Oded Fehr, bekannt aus den „Mumie“-Filmen), den Alice aus Teil 2 bereits kennt. Aber Umbrella jagt sie weiterhin, während sie versuchen aus den Zombies Arbeitssklaven zu machen – bis es in einer Forschungsstation zum Finale kommt und sich der wahre Feind hinter Umbrella zeigt: Albert Wesker.









