Er ist zurück – die Kampfmaschine wider Willen, die sich im vorigen Teil mehr oder weniger selbst aufgegeben hat, um die Welt vor den Ceph zu retten. Prophet, der Mann im Nanosuit. Aber das Ding hat seinen Preis, denn der Nanosuit – wie wir ja jetzt wissen – wurde aus außerirdischer DNA geschaffen und Prophet ist … vielleicht kein Mensch mehr.
Als er aus seinem Tiefschlaf „erwacht“ hat sich viel geändert, denn die CELL Corporation hat die Welt im Würgegriff – durch die Produktion von kostenloser Energie hat der Konzern alle Mitbewerber ausgeschaltet und herrscht nun dank Monopol (und Mini-Armee) über die Welt.
Aber es regt sich Widerstand … Psycho, ehemaliger Kampfgefährte von Prophet, befreit ihn. Gemeinsam mit einer Gruppe Widerstandskämpfer versuchen sie CELL aufzuhalten. Aber Prophet denkt, dass da mehr dahinter steckt … denn die Energie, die CELL erzeugt, muss irgendwo herkommen … und Prophet befürchtet – in Gedanken noch bei den Ceph – das Schlimmste …