Für manche beginnt es wie immer, mit einer Installationsroutine. Für jeden, der bereits vor mehr als zehn Jahren den Vorgänger gespielt hat, gibt es bereits die erste Gänsehaut, wenn man alte Bekannte wieder trifft. In wenigen Sätzen wird die Geschichte von StarCraft inklusive Broodwar erzählt, die Bedrohung durch die Zerg, den Verrat durch Arcturus Mengsk, den verzweifelten Rettungsversuchen von Jim Raynor und den Aufstieg von Sarah Kerrigan zur Queen of Blades, der Anführerin der Zerg.
Nach diesem Flashback geht es gleich in die neue Kampagne, man schlüpft in die Rolle von Jim Raynor, der sich gegen das Imperium von Mengsk auflehnt. Es beginnt in einer heruntergekommen Bar, irgendwo im wilden Westen. Zumindest der Soundtrack, den man über eine Jukebox ändern kann, vermittelt diesen Eindruck. Generell wurde zwischen den Kapfhandlungen viel Story integriert, so kann man sich in der Bar die Propaganda-Nachrichten im Fernsehen ansehen, neue Einheiten inspizieren und mit den Mitstreitern interagieren.