Ein paar Wissenschaftler arbeiten in einem geheimen Labor mit Hilfe von genetisch modifizierten Schlangen an einem Heilmittel gegen Krebs und Alzheimer. Bezahlt wird die ganze Organisation von dem schwerkranken Millionär Murdoch (John Rhys-Davies). Die veränderten Schlangen wachsen dabei immer schneller und die zwei größten brechen schließlich aus, und bringen auf ihrer Flucht den Großteil der Wissenschaftler um.
Ein von Murdoch zusammengestelltes Team von Jägern, unter ihnen auch der schlitzohrige Spezialist Hammett (David Hasselhoff), müssen nun mit Hilfe der Ärztin und Schlangenexpertin Amanda (Crystal Allen) die beiden Anacondas so schnell wie möglich finden und töten. Dabei arbeitet die Uhr gegen sie, da das weibliche Tier schwanger ist, und nur noch wenige Stunden bis zur Entbindung brauchen wird.